馬藺是白花馬藺的變種，多年生密叢草本。根狀莖粗壯，木質，斜伸，外包有大量致密的紅紫色折斷的老葉殘留葉鞘及毛發狀的纖維；須根粗而長，黃白色，少分枝。

葉基生，堅韌，灰綠色，條形或狹劍形，長約50厘米，寬4-6毫米，頂端漸尖，基部鞘狀，帶紅紫色，無明顯的中脈。

花為淺藍色、藍色或藍紫色，花被上有較深色的條紋，花莖光滑，高5-10厘米；苞片3-5枚，草質，綠色，邊緣白色，披針形，長4.5-10厘米，寬0.8-1.6厘米，頂端漸尖或長漸尖，內包含有2-4朵花；花乳白色，直徑5-6厘米；花梗長4-7厘米；花被管甚短，長約3毫米，外花被裂片倒披針形，長4.5-6.5厘米，寬0.8-1.2厘米，頂端鈍或急尖，爪部楔形，內花被裂片狹倒披針形，長4.2-4.5厘米，寬5-7毫米，爪部狹楔形；雄蕊長2.5-3.2厘米，花藥黃色，花絲白色；子房紡錘形，長3-4.5厘米。

蒴果長橢圓狀柱形，長4-6厘米，直徑1-1.4厘米，有6條明顯的肋，頂端有短喙；種子為不規則的多面體，棕褐色，略有光澤。